Un pour dix millions d'habitants. C'est le taux de Transparents au Japon. Un Transparent est une personne victime d'un mal étrange : tout être présent dans son entourage est capable d'en « entendre » les moindres pensées. Les Transparents n'ont donc aucune intimité, et pourraient en souffrir cruellement s'ils en prenaient conscience, car ils ne se savent pas Transparent à moins qu'on le leur dise. En raison des talents et des caractéristiques exceptionnelles de ces individus, véritables « Einstein » en puissance, le gouvernement a décidé d'agir et a voté une loi obligeant la population tout entière à faire comme si elle était « sourde », pour protéger l'intégrité de ces trésors nationaux. Il suffit en effet qu'un Transparent découvre qu'ilen est un pour sombrer irrémédiablement dans la folie, ou pire, mettre fin à ses jours. Un comité chargé de leur surveillance permanente a été mis sur pied. Ses agents secrets suivent et surveillent chaque Transparent 24 heures sur 24. Ce manga raconte les aventures de plusieurs Transparents : un interne se rêvant chirurgien, une jeune joueuse de shôgi, un petit garçon porté disparu, un Transparent tombant amoureux de la personne chargée de le surveiller.