Lyra, 12 ans, est une orpheline rebelle qui vit à Jordan College, un établissement de l'université d'Oxford, dans un monde parallèle qui ressemble au nôtre mais qui a évolué de façon un peu différente. Lyra n'est jamais seule : elle a pour compagnon Pantalaimon, son daemon, un être capable de prendre de nombreuses formes animales. Dans d'autres mondes que le sien, l'âme d'un être humain reste en lui, invisible et muette, mais dans celui de Lyra, les humains sont accompagnés par leur dæmon tout au long de leur vie. Le monde de Lyra est en train de changer. L'organisme gouvernemental global, le Magisterium, resserre son emprise sur le peuple. Ses sombres activités l'ont poussé à faire enlever des enfants par les mystérieux Enfourneurs. Parmi les gitans, qui ont perdu beaucoup des leurs, court une rumeur : les enfants sont emmenés dans une Station Expérimentale quelque part dans le Nord, et on pratique sur eux d'abominables expériences Lorsque Roger, le meilleur ami de Lyra, disparaît à son tour, la petite fille jure d'aller le chercher, jusqu'au bout du monde s'il le faut. Lord Asriel, l'oncle de Lyra, prépare justement une expédition pour le Nord, afin d'en apprendre davantage sur un étrange phénomène, la Poussière. Mais il refuse de l'emmener avec lui. Lyra va cependant avoir une deuxième chance de partir, lorsqu'elle fait la connaissance de la très séduisante Mme Coulter, scientifique et voyageuse. Avant de quitter le Collège, Lyra se voit confier un objet très ancien et mystérieux, l'aléthiomètre, qui lui dira la vérité… si seulement elle peut apprendre à le lire. Mais Lyra a été prévenue : elle doit garder le secret. Dans le monde de Lyra, un mythe dit qu'un enfant pourra changer la destinée du monde en choisissant sa propre voie, et qu'il jouera un rôle crucial dans la guerre qui se prépare. Dans sa quête pour sauver Roger, Lyra pourrait-elle être cette enfant ? Pour la petite fille commence alors le plus extraordinaire et le plus dangereux des voyages, au cours duquel elle va rencontrer des gitans, des sorcières, un ours en armure et un aéronaute texan. Un voyage vers le Nord et les mystères de l'âme humaine...