Dans l'Allemagne nazie. Chrétien protestant, bon mari et bon père de famille Kurt Gerstein est recruté pour ses talents de chimiste par les SS, qui le chargent de combattre la vermine et les épidémies de typhus. Il s'acquitte au mieux de sa tâche, supervisant avec zèle la production de gaz Zyklon B. Ce qui ne l'empêche pas de s'émouvoir auprès du nonce de Berlin de l'euthanasie des pensionnaires des asiles. Il fait à l'occasion la connaissance d'un jeune jésuite, Riccardo Fontana, secrétaire du nonce. Un jour, lors d'une tournée d'inspection dans ce qu'il croit être un camp de travail, Gerstein découvre l'innommable : le Zyklon B est l'instrument de la «solution finale» et des milliers de juifs ont déjà été gazés...