Cinq ans après le terrible fiasco du 'Jurassic Park', rêvé par le milliardaire John Hammond, ce dernier apprend au mathématicien Ian Malcolm, l'un des survivants du drame, que des centaines de dinosaures vivent en liberté sur le site B, une île où ils étaient élevés avant d'être transférés dans le parc. Il lui propose de se joindre aux trois personnes (le photographe Nick Van Owen, le technicien en logistique Eddie Carr et la zoologue Sarah Harding, la propre compagne de Ian), qu'il vient d'engager pour aller les observer. Ian refuse mais change d'avis quand il apprend que Sarah est déjà sur place. Pour lui, la mission d'études s'apparente désormais à une opération de sauvetage...