Lain est une jeune lycéenne renfermée et taciturne. Choquée par le suicide inexpliqué de sa camarade de classe Chisa, elle reçoit peu après le drame, un e-mail provenant de la disparue ! Des phénomènes étranges vont dès lors se produire autour d'elle. Curieuse, la jeune fille décide de s'aventurer sur le "WIRED", à la recherche d'une explication à tous ces faits insensés. Au cours de ses explorations, d'autres suicides vont suivre la mort de Chisa. Tous ces disparus semblent avoir participé à un mystérieux jeu en réseau ! Une question devient de plus en plus obsédante : qui est Lain ?