L'USS Enterprise, toujours dirigée par le commandant Kirk, décident de partir à la recherche du corps de Spock laissé sur Génésis. De leurs côtés, le lieutenant Saavik et le docteur Marcus commencent l'exploration de cette même planète, désormais interdite mais détenant le secret du renouveau de la vie. Tous sont menacés par le sinistre seigneur de la guerre Kruge prêt à tout pour s'emparer du secret...